單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序（scRNA-seq）技術(shù)作為一項(xiàng)革命性的生物學(xué)工具，讓人們更直觀的認(rèn)識到不同的細(xì)胞亞群和狀態(tài)。但由于凍存組織無法制備高質(zhì)量的細(xì)胞懸液以及細(xì)胞形狀不規(guī)則，細(xì)胞體積較大的無法直接通過scRNA測序來分析。
這時(shí)，單細(xì)胞水平上的核轉(zhuǎn)錄組測序（snRNA-seq）應(yīng)運(yùn)而生，帶來了一種新的解決方案。單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測序就是把組織抽核，制備成單細(xì)胞核懸液進(jìn)行核轉(zhuǎn)錄組測序。大大減少了處理的難度，加速了人類對疾病發(fā)生發(fā)展探索的步伐。
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強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)合，助力單細(xì)胞核測序時(shí)代
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實(shí)驗(yàn)步驟
1) 將新鮮冷凍的人腦組織進(jìn)行解離并過濾制成核懸液。
2) 使用單細(xì)胞柔性分選系統(tǒng)Pala 進(jìn)行核分選后，進(jìn)行計(jì)數(shù)和成像以確定細(xì)胞數(shù)量和碎片清除效率。
3) 計(jì)數(shù)后的核稀釋至300,000個/ml , 每次添加600μl懸液至Pala細(xì)胞芯片中，進(jìn)行大量細(xì)胞分選模式。分析并根據(jù)FSC（前向散射）/ALL（軸向光損失）和FSC/PI圖表對核進(jìn)行門控，以去除雙聯(lián)體和碎片。
4) 加載到10X Genomics進(jìn)行文庫制備和測序
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實(shí)驗(yàn)結(jié)果
1) 對比來自解離的大腦核圖像發(fā)現(xiàn)，經(jīng)過單細(xì)胞柔性分選系統(tǒng)Pala后的組織成功清除了碎片。
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2) Pala與標(biāo)準(zhǔn)的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)對比，發(fā)現(xiàn)經(jīng)過Pala分選后的細(xì)胞數(shù)量更多，每個細(xì)胞的平均讀數(shù)更低，每個的總讀數(shù)更多，測序飽和度更低。
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3) 從結(jié)果圖中看到，標(biāo)準(zhǔn)主要由少突膠質(zhì)細(xì)胞主導(dǎo)，而Pala測序顯示出更多的集群和更均勻的細(xì)胞類型分布。
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相較于傳統(tǒng)核準(zhǔn)備方法，單細(xì)胞柔性分選系統(tǒng)Pala提供了以下優(yōu)勢：
輕柔分選
＜2si 的鞘液壓力，減少了對細(xì)胞的物理損傷，特別是脆弱的細(xì)胞類型，如神經(jīng)細(xì)胞。
去除細(xì)胞聚集體和碎片
Pala能夠有效去除細(xì)胞聚集體和大小不一的碎片，這對于提高后續(xù)測序步驟中獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù)至關(guān)重要。
高細(xì)胞恢復(fù)率
Pala分選的比標(biāo)準(zhǔn)多產(chǎn)生了10%的細(xì)胞，這表明Pala在分選過程中能夠更有效地恢復(fù)細(xì)胞。
簡化操作流程
Pala的設(shè)置和操作相對簡單，使得用戶能夠快速上手并進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，減少了因操作復(fù)雜性帶來的技術(shù)障礙。
減少實(shí)驗(yàn)時(shí)間和成本
與傳統(tǒng)的FACS相比，Pala的簡化流程和較低的運(yùn)行成本
適用于多種類型
適用于多種類型的細(xì)胞和核，包括那些難以通過傳統(tǒng)方法分離的細(xì)胞類型。
靈活分選
提供三種分選模式，包括單細(xì)胞分選，稀有細(xì)胞富集，大量細(xì)胞分選
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總的來說，單細(xì)胞柔性分選平臺Pala 和 10X Genomics強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)合，為單細(xì)胞RNA測序提供了一個高質(zhì)量、高效率的準(zhǔn)備方案。
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